大政奉還以前、幕府直轄領の港町だった兵庫地区は典型的な町人の町だったため、庶民向けの学校である寺子屋や私塾がみられた。大政奉還後、地方において学校創設が企図されると、神戸・兵庫地区でも自主的に先駆的・自然発生的公教育機関の設置が行われ、明治元年６月（1868）に明親館が開校、明治5年（1872）8月2日の「学制」公布により、学制に基づく小学校へと引き継がれた。

明治中期になると、近代化の影響から教育政策も推進されていった。明治19年（1886）に「小学校令」が制定されると、小学校は尋常、高等の二段階に変更され、前者では4年の義務教育も定められた。この時期には初期小学校に今日の小学校建築の原型とも言えるI字型、L字型、コの字型などが登場する。また、徐々に学校衛生普及の機運が高まった。特に注目されるのは、「学校医」の設置であった。港町神戸が外国貿易の窓口であるという立地条件によって早くから防疫思想が普及・徹底され、多面的な対策が講じられていたことを示すものである。その後、職業に必要な知識や技能を教授する実業補習教育が拡充され、神戸でも学校が開設された。明治後期には、教育市長として有名な2代神戸市長坪野平太郎が実業補習学校の整備をさらに進めたほか、市立の中学校や幼稚園も設置し、学校が増設された。

大正期に入ると、神戸市は飛躍的な発展を遂げ、それに伴う社会基盤の整備、とりわけ小学校の整備が最も重要な政策課題となる。また財源の学区間不均衡と、それに伴う教育条件の不均衡問題に対して学区制廃止の議論が本格化する一方、所得向上とともに増加し始めた中産階級の中等教育熱は高まり、中等教育機関の整備・拡充が緊急課題となった。そこで受け皿となったのが、私立であり、明治前期の神戸女学院、明治中後期の親和女学校、関西学院、松蔭女学校、神戸育英義塾、神戸家政女学校、森女学校、大正期には、後の滝川中学校、甲南中学校、甲南高等女学校、女子高等技芸学校、神戸村野工業学校、成徳実践女学校、須磨女学校、睦高等技芸塾、神港中学校、山手高等女学校、野田高等女学校、昭和に入って灘中学校、六甲中学校などが新設され発展していく。大正８年（1919）学区が市に統一されると、学区廃止後の教育施設の拡張・整備が広められたほか、幼稚園の普及や中等・高等学校の拡充がなされていく。